黄达为东海舰队队长，驻地为济州。

武大亭为倭国舰队队长，驻地摄津等地。

李俊为南洋舰队队长，驻地三佛齐新港等地。

阮小二为护卫舰队队长，驻地梁山。

摄津提神为高丽舰队队长，驻地开城。

另设运输舰队，吴璇为主事，负责各地水运运输和商船事宜。

各部水师、水面运输部队合计五万人。

军队分为野战部队和护卫部队，编制上分为师、团、营、连、排、班，一个师满编为一万人，另在师以上设置军，一军为三个师，军的设置是为了方便面对一方之敌时协同各师作战。

另外取消原来的野战师和守卫师的称呼，改为前一百个师编制为野战部队，一百之后的部队为地方部队，防止部分军士因为称呼而对自己的要求降低。

重新整编后确定陆军编制为三十五个师，其中野战部队十二个师，骑兵师三个，炮兵师一个，弩炮师两个，地方部队二十一个师。

而军在下辖的时候，并不是野战部队或地方部队，而是经常两者皆而有之，这一方面是为了制衡，一方面也是实际需要。

军编制如下

第一军，军长卢俊义，下辖两个野战师，一个地方师，分别为第一师，第二师，第一百零一师，师长亦里干、独虎术、唐斌。所属防区为高丽、枯叶岛。

第二军，军长晁盖，下辖一个野战师，两个地方师。分别为第三师，第一百零二师，第一百零三师，师长分别为朱仝、刘唐、雷横，所属防区为京东两路。

第三军，军长赵匡，下辖一个野战师，两个地方师。分别为第四师，第一百零四师，第一百零五师，师长分别为穆弘、李公寿、郑惟晃，所属防区为高丽、济州岛。

第四军，军长成闵，下辖两个野战师，一个地方师。分别为第五师，第六师，第一百零六师，师长分别为魏定国、单廷珪、姜信泰，所属防区为京东两路。

第五军，军长毛利胜永，下辖一个野战师，两个地方师。分别为第七师，第一百零七师，第一百零八师，师长分别为源为义，平忠盛，安倍泰清，所属防区为倭国。

第六军，军长平正盛，下辖三个地方师，师长分别为真田幸村，大友道雪，坂部平太，所属防区为倭国。

第七军，军长尹彦旼，下辖三个地方师，师长分别为金敦中，解珍，林木。所属防区为高丽。

第八军，军长李之美，下辖一个野战师，两个地方师，师长为郑昆纬，兵部卿，藤原惟。所属防区为倭国。

第九军，军长李应，下辖一个野战师，两个地方师，师长分别为史进，韩滔，彭玘。所属防区为京东两路。

第十军，军长李助，下辖一个野战师，两个地方师。师长分别为刘以敬，上官义，袁朗。所属防区为两淮。

第十一军，军长徐宁，下辖一个野战师，两个地方师。师长分别为韩伯龙、扈成、滕戡。所属防区为京东两路。

以上合计编制为三十三万人，其中驻守倭国三个军，高丽、枯叶岛、济州岛三个军，京东两路四个军，两淮一个军除野战师外，各地的地方部队均为当地兵源，野战师大都为汉人兵源，但亦里干、独虎术的两个师中有一半以上为枯叶岛上的土著。

其实这些只是编制，实际兵力并没有这么多，另外在倭国、高丽还有地方衙役等辅助部队。

另外还有几只特设部队，编制如下

近卫师，下辖五个加强团，团长分别为杜壆、李忠、武松、石秀、鲁智深，师编制为一万五千人，其中李忠所属三千人为火枪兵。

原为近卫师的扈三娘因为嫁给了卢俊义，姜德特批其在卢俊义的第一军中任卢俊义的贴身护卫。

第一骑兵师，师长呼延灼，编制三千人。